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公益社団法人 日本産科婦人科学会の総会は、各都道府県から選出された代議員（社員）によって構成されます（定款第13条及び14条）。
常務理事会は、理事長、副理事長、常務理事をもって構成されます（定款第41条）。副理事長、常務理事は総務、会計、学術、編集、渉外、社会保険、専門医制度、臨床倫理、教育、地方連絡、広報、医療制度検討の各業務を担当しています。
常置委員会として、 運営委員会、学術委員会、渉外委員会、教育委員会、中央専門医制度委員会、臨床倫理監理委員会、社会保険委員会、専門委員会、地方連絡委員会があります。
専門委員会には、常置委員会として生殖・内分泌委員会、婦人科腫瘍委員会、周産期委員会、女性ヘルスケア委員会があります。これらの委員会は産科婦人科医療の発展のために登録、調査等の学術的調査研究を行っています。
理事会内委員会には、広報委員会、医療制度検討委員会、災害対策・復興委員会、診療ガイドライン運営委員会、コンプライアンス委員会、サステイナブル産婦人科医療体制確立委員会、産婦人科未来委員会、医療安全推進委員会、公益事業推進委員会、臨床研究審査委員会、感染対策連携委員会、セクシュアル・リプロダクティブ・ヘルス/ライツ（SRHR）推進委員会、ダイバーシティ・人材育成推進委員会、公的プラットフォーム設立連携委員会、データベース管理・利活用に関する検討委員会があります。
【幹事会】 定款第33条に基づき幹事長、副幹事長、幹事を置き、幹事会を構成しています。幹事長、副幹事長及び幹事は、理事長の業務執行及び副理事長並びに常務理事の業務の分担執行を補佐し、また各委員会に委員として参画して本会の事業を実務的に支援する役割を担っています。
